1. Izgradnja hidroelektrana.
Planirane hidroelektrane u gornjem toku rijeke Neretve zacrtane su Prostornim planom BiH. Istim planom određeno je da se na istom prostoru formira nacionalni park, što je inkopatibilno. Dvostrukim odrednicama Prostornog plana ulazi se u sukob interesa sa mogućnosti preglasavanja na osnovu isključivo uskih ekonomskih interesa, iako se i tada znalo, kao što se i danas zna da hidroakumulacije radikalno mijenjaju sadržaj prostora i nespojive su sa pojmom
nacionalnog parka. Očito je da su akumulacije na rijekama Neretvi, Uni i Sani ugrađene u prostorni plan BiH pod pritiskom energetskog lobija, koji je uvijek djelovao u sprezi sa politikom.
2. Bespravna vikend naselja
Planinski plato Rujište, nadmorske visine 1050 metara, udaljen od Mostara asfaltiranim putem 22 km, a od Boračkog jezera 17 km makadamskim putem, čini južnu kapiju budućeg nacionalnog parka. Zbog endemske munike, izuzetnog rezervata endemskih cvjetnica i geomorfologije, rješenjem Komisije za zaštitu prirodnog naslijeđa Zavoda za zaštitu kulturno istorijskog i prirodnog naslijeđa BiH 1965. godine, stavljeno je pod preventivnu zaštitu kao rekreaciono područje i stanište bjelokorog bora. Trenutno se na Rujištu uz prećutnu saglasnost Gradske općine Mostar-Sjever, bez planske osnove, lokacijski, formom i materijalom na neprimjeren način gradi preko 100 vikend objekata. Na visoravni Čvrsnice na potezu Risovac-Blidinje jezero-Masna luka u općini Jablanica, bespravno je izgrađeno oko 350 vikend objekata. Najveća koncentracija je oko skijališta na Risovcu. Gradnja je najčešće neprilagođena planinskom ambijentu, pretenciozna vilska sa asfaltiranim dvorištima. Bez znanja i saglasnosti općine Jablanica, poručen je Prostorni plan posebnog područja od strane Urbanističkog zavoda Arhitektonskog fakulteta u Zagrebu. Prostorni plan je razvojni, a ne provedbeni. Na osnovu njega treba uraditi detaljne planove kao podlogu za realizaciju.
3. Bespravne šljunkare.
a) Diva Grabovica, dio planiranog Nacionalnog parka, lokalitet predložen od Komisije UNESCO-a za uvezivanje u mrežu Geoparkova, endemni je centar i jedan od najljepših geomorfoloških fenomena, zaštićen je rješenjem Zavoda za zaštitu kulturno istorijskog naslijeđa BiH broj 662/57 kao i odlukom Vlade BiH kojom se Diva Grabovica proglašava uzgojnim lovištem. Od 1997. godine privatno građevinsko preduzeće bez pribavljene zakonom predviđene dokumentacije vrši separaciju šljunka. I pored odbijenice Federalnog ministarstva za prostorno uređenje, upravnog spora kod Vrhovnog suda Federacije koji je negativno završen po zahtjevu investitora, naređenja međunarodnog Ombdusmena za obustavu radova i uklanjanje postrojenja, bespravna šljunkara i dalje radi. b) Građevinski poduzetnik izgradio je i cestu dužine oko 4 km u lovištu Bijela (mostarska Bijela) u kanjonu potoka ispod Velikog Prenja, gdje eksploatiše šljunak. Iako je probijanje puta trajalo preko tri mjeseca i pored protesta lovačkih organizacija niko od nadležnih inspekcijskih organa Gradske općine Mostar-Sjever, ove nelegitimne radnje nije pokušao obustaviti.
4. Sječa šume.
Na širem prostoru Prenja i Čvrsnice na više lokaliteta vrši se sječa šume. Na prostoru HNK-a rok svim šumsko privrednim osnovama je istekao, tako da se gospodarenje obavlja na osnovu godišnjih planova sječe koje odobrava nadležno Federalno ministarstvo. Iako je u toku rata šumski fond bio bitno devastiran, do sada nisu snimljene ratne štete. Nije izvršen premjer šuma kao osnova za buduće planove. Oboljelu muniku na Rujištu niko ne liječi niti se vrši sanitarna sječa. Na potezu Rapta-Tisovica iznad Bukovog laza izgrađena je haotična mreža šumskih puteva. Izgrađen je novi šumski put do vrha Tisovice, oko 500 m od vrela Vrutak, neposredno ispod najvećeg vrha Prenja, Zelene glave. Pri tome se vrši sječa zaštićene munike pod isprikom da se radi o sanitarnoj sječi.
